Ученый совет СЗОНКЦ им Л.Г. Соколова ФМБА России – ключевой совещательный орган, осуществляющий общее руководство научно-образовательной деятельностью организации. Результатом его деятельности является максимально эффективная и слаженная работа руководства, научно-педагогических и медицинских работников  в целях  координации научно-исследовательской учебной, инновационной и педагогической деятельности  СЗОНКЦ им Л.Г. Соколова ФМБА России.